Im Tätigkeitsbericht 1989 der Gewässerschutzgruppe wird ein “vorerst vertrauliches Gutachten der EAWAG” zitiert.

Die Eawag (Ambühl und Bührer) versuchten der Vereinigung, respektive dem See, best möglichst zu helfen.

Der Grund zur Ablehnung einer internen Massnahme war:
Die interne Sanierung des Pfäffikersees war damals in raschem Gang und eine fast vollständige Sanierung zeichnet sich bereits ab. Nun ist dieser Vorgang heikel. Er hängt davon ab, wie sich der Phosphor aus dem See entfernt. Dies geschieht hauptsächlich beim Einsetzen der Winterzirkulation. Die Hydrologie eines Sees ist eine recht komplizierte Sache, die zwar pysikalisch in allen Einzelheiten bekannt ist, aber ein chaotisches System behandelt. Mathematisch bedeutet dies, dass in einem System finiter Elemente ein System von gekoppelten Differentialgleichungen aufgestellt werden kann. Weil geschlossene Lösungen davon unmöglich sind und auch die Randbedingungen nur näherungsweise bekannt sind, bleiben nur numerische Integrationen. Zudem ist sich ein “Modellbauer” nie sicher, ob er nicht irgendeinen relevanten Vorgang übersehen haben könnte.(vergleiche mit dem fehlenden Wasserdampf in den heutigen Klimamodellen, oder dem Fehlen des Meers in den letzten Klimamodellen). Also bleibt als einzig gesichertes Resultat das bereits beobachtete Verhalten des Wasserkörpers des Sees. 
Das Anfahren einer Zirkulationshilfe stört aber diesen Vorgang, der natürlicherweise so gut war - Die Eawag (Ambühl und Bührer)  liessen sich schliesslich nach heftigem Drängen durch das AWEL zur Zustimmung überreden (mit der Ueberzeugung, dass der Pfäffikersee durch diesen Eingriff mindestens nicht nachhaltig geschädigt werde). Sie machte auch politisch Sinn.

Eine andere Begründung ist mehr philosophischer Natur: Jede interne Sanierungsmassnahme ist ein künstlicher Eingriff in ein natürliches System - also etwas was man tunlichst vermeiden sollte. Zumindest sollte bereits bei der Planung bekannt sein, in welchem Jahr diese Krücke wieder entfernt werden wird.
Sogar das Sanierungsziel ist unklar. Es reicht nicht, das Sauerstoffziel des Gewässerschutzgesetzes künstlich zu erfüllen (dies ist für die Felchen zuwenig).

Mit Einsatz von genügend Energie und Chemie kann jedes Gewässer in ein Nachklärbecken für Abwasser verwandelt werden - was aber dem Schutz des Gewässers widerspricht. Aehnliches gilt auch für Fisch-Mast-Becken (=eutrophierte Seen); etwas was bei wenigen Fischern gern verdrängt wird.

H. Bührer